freee会計の料金とEC事業者が確認したい運用ポイント

ネットショップを運営していると、注文ごとの売上合計と決済会社から実際に振り込まれる入金額が一致せず、確認に手間取ることがあります。日本国内で布ポーチ10商品を扱う個人事業の架空店（店主が週末60分で確認、仮予算は月換算税込3,000円。カート代や税理士費用は別で年払い資金は別途確保）を例に、freee会計の役割、プランと料金、データ取り込みと入金照合の手順を整理します。なお、本記事の公式情報は2026年10月9日時点の公開内容に基づきます。

freee会計でできることと、ネットショップ業務の対応範囲は？

freee会計は、銀行口座やクレジットカードなどの明細データを取り込み、日々の取引を帳簿へ記録（記帳）して決算書などを作成する会計サービスです。ネットショップの商品管理や在庫追跡、発送業務そのものを代行するシステムではありません。

個人と法人で、どのプランを比較する？

どのプランが適しているかは、個人事業主か法人かという事業形態の違いに加え、消費税申告機能の要否、領収書などの証憑保存の扱い、利用する人数、および相談窓口の有無によって決まります。単に年間の売上規模だけで決まるわけではありません。

証憑（しょうひょう）とは、領収書など取引を裏付ける書類のことです。なお、会計ソフトの申告機能と事業者に課される申告義務は別です。

個人事業主向けのプランとしては、「スターター」や「スタンダード」などが用意されています（個人向けプランヘルプ）。スタータープランは、日々の取引登録や銀行同期、所得税の確定申告書類作成など、個人事業主の基本的な記帳要件に対応しています。ただし、消費税の申告書を作成する機能は含まれていません。スタンダードプラン以上になると、消費税申告書の作成機能が利用できるようになり、日々の業務効率化や管理機能も拡張されます。

一方で、法人の場合は個人事業主とは全く異なる専用のプラン体系が定められており、利用料金や提供機能の範囲も別立てになっています。法人の契約を検討する場合は、個人向けの料金表を参照するのではなく、法人の公式申込画面や機能一覧で最新の条件を直接確認する必要があります。

月払いと年払いで、いくら支払う？

Web上で提示されている月換算の金額は、年額料金を一括で支払った場合の1か月あたりの計算値であり、毎月支払う月額料金とは支払うタイミングや金額が異なります（いずれも税抜）。

個人向けWeb契約の料金（2026年10月時点、税抜）は以下のとおりです。

支払方法はクレジットカードまたはPayPalに対応しており、契約は事業所単位で行われます（お支払方法ヘルプ）。Web契約のプランは月払い・年払いのいずれも自動更新されるため、次回の更新日や契約条件を管理画面で把握しておく必要があります。なお、スマートフォンのアプリ内課金（App StoreやGoogle Play経由の購入）は、Web画面からの直接契約とは料金体系が異なり別料金が適用されるため、申込経路の違いに留意する必要があります。

架空の布ポーチ店では、会計ソフトとEC連携の仮予算を「月換算で税込3,000円」と見積もっています。ただし、表に記載された料金はすべて税抜であるため、実際の支払い時には消費税が加算されます。さらに、後述する外部のEC連携アプリなどを利用する際に追加の月額利用料が発生する場合は、ソフト本体の費用と合わせた総額で仮予算内に収まるかを照合しなければなりません。

なお、年払いを選択する場合は契約時に1年分が一括で引き落とされるため、手元の運転資金から年間の支払い資金を確保できるか確認することが大切です。

使っているカートや決済のデータを取り込める？

対応サービスの一覧に名前があるだけでは不十分であり、取り込める明細の項目が自店の求める粒度と合っているか、連携機能の提供元や追加費用、そして売上の二重計上を防ぐ手順が整っているかを確認する必要があります。

銀行口座の同期機能（口座同期ヘルプ）は、銀行側に記録された入出金の日付や金額などの明細を取得する仕組みです。銀行側の明細で得られる記録と、EC連携で取得できる注文ごとの売上や手数料などの内訳をそれぞれ確認し、自店の業務に必要な粒度で取り込めるかを確かめる必要があります。

個別の売上や手数料などの詳細データを取り込むには、freeeアプリストアなどで案内されている外部連携アプリや、カートシステム側が提供するデータ連携機能の利用を検討します。すべてのネットショップや決済代行サービスに対して標準の自動連携機能が用意されているわけではありません。また、手元にある任意のCSVファイルを加工せずにそのままfreee会計へ直接読み込める仕様とは限らないため、連携アプリの対応項目、開発元、追加の利用料、必要なファイル形式を個別に調べる必要があります。

売上と入金の差を、どう照合する？

注文時の売上合計と実際の入金額の差を手数料だけと決めつけてはならず、返金や振込サイクルの時期ずれ、未入金分などを別々の項目として切り分け、それぞれの実態を照合する必要があります。

売掛金とはまだ受け取っていない売上代金であり、消込はその未決済取引に対応する入金を結びつけて整理する処理を指します。

freee会計では、既に売上として記録した未決済取引（売掛金）に対して、後日あった実際の入金を結びつけて消込を行います（未決済取引の消込ヘルプ）。EC連携で登録した売上に加え、銀行明細の入金も売上として重ねて登録すると二重計上になるため、対応する未決済取引の消込として処理します。なお、売上の計上時期や勘定科目、税区分は、自店の取引実態に合わせて個別に確認する必要があります。

売上と入金の関係を整理するため、架空の布ポーチ店における一定期間の照合モデルを以下の表に示します。

このモデルは、消費税を含む実際の受払総額を前提とし、期首の売掛金残高が0円、期末の未回収残高が0円、同期間内にすべての取引が精算され、他の増減要因がない状態を示しています。

ここで控除されている900円は、決済代行会社によって確定された手数料の総額であり、一般的な固定料率や返金に伴う特定の手数料を示すものではありません。また、この照合モデルは売上と入金の数値の整合性を確認するための計算例であり、店舗の利益や所得、納付税額を決定するものではありません。入金額が売上総額と異なる場合は、控除された手数料だけでなく、顧客への返金や振込サイクルのズレによる未入金残高が含まれていないかを、決済会社の明細書と突き合わせて確認することが重要です。

店主と相談相手で、どこまで確認する？

ネットショップの経理を税理士などの専門家と進める場合は、取引資料の準備やデータの取り込み、差額の調査、税務上の確認などをどちらが担当するか、事前に役割分担を取り決めておくことが推奨されます。

また、ソフトを共有する際はプランごとの招待条件を確認する必要があります。個人スタータープランでは一般メンバーの追加招待はできませんが、「freeeアドバイザー制度」に加入している税理士等の専門家であれば例外として招待が認められています（メンバー招待ヘルプ）。個人スタンダードプランでは、管理者を含めて基本3名まで利用でき、必要に応じて有料で利用枠を追加できます。全国すべての税理士を一律に無料で招待できるわけではないため、相談先の専門家がfreeeアドバイザー制度に加入しているかや、自店の契約プランにおける利用枠の条件を事前に確認することが大切です。

試してから契約するには、何を確かめる？

自店に合うかを試す際は、直近から少数の通常売上、返金、未入金のデータを選び、freeeアプリストアなどで確認できた連携手順を用いて、売上登録から手数料・返金の確認、入金消込までが無理なく進められるかを確かめて判断します。

無料試用環境を利用する際は、公式の利用条件（個人向けプランヘルプ）に留意が必要です。試用期間中はデータの閲覧範囲や各種帳票の出力機能、サポート窓口の利用などに一部制限が設けられています。また、試用期間が終了した後に有料契約へ移行しなかった場合、機能制限付きの未契約状態へ移り、銀行口座の同期機能なども利用できなくなります。

さらに、無料試用の期間中に有料プランの本契約を申し込んだ場合、その時点で無料試用の残日数は消滅し、直ちに有料契約の期間が開始されます。試用の中で自店の運用に合致するか判断がつかない点や仕様上の不明点がある場合は、契約手続きを進める前に公式ヘルプやサポート窓口で確認することが推奨されます。

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