ECの決済入金照合｜売上・手数料・返金・振込を合わせる方法

ECサイトの売上合計と銀行口座への振込額を比べたとき、金額が一致しないからといって直ちに異常とは決められません。注文が入ってから口座へ着金するまでには、決済事業者による処理の時間差、手数料の控除、返金、前月からの繰越残高などが挟まるためです。

この記事では、国内向けに布小物10商品を販売する架空店舗（担当1名、月末に2時間で入金確認を実施、記録ツール等の追加運用予算を月税込3,000円と仮定、通常のカートや決済手数料は別）を例に進めます。確認の流れは「対象資料の特定 → 日付とIDの整理 → 手数料・返金の仕分け → 銀行着金の確認 → 月末残高の算出 → 未解決差額の引き継ぎ」です。扱う数字は仕組みを整理するための代表4取引であり、店舗全体の月間売上ではありません。なお、文中の各社公式情報は2026年10月9日時点で確認した内容に基づきます。

売上と銀行の振込額は、なぜ同じにならない？

注文金額の合計と銀行口座の入金額を直接引き算しても、その差額の内訳を正しく把握することはできません。注文と銀行口座の間には決済事業者が介在しており、取引ごとの処理時期や差し引かれる費用が異なるためです。差額を確かめる際は、注文履歴と通帳の間に決済事業者の明細を挟んで突き合わせます。

ここでいう「照合」とは、注文履歴、決済事業者の明細、銀行口座の入出金記録といった別々のデータを取引ごとに紐付け、金額や件数が合っているかを確かめる作業のことです。

クレジットカードなどの決済経路では、注文時に購入枠を確保する「承認」と、正式に代金を請求する「決済確定」という段階に分かれます。Shopifyヘルプセンターの支払いに関する説明にあるとおり、支払いの承認と決済確定は異なる段階であり、顧客が支払ってから店舗へ入金されるまでには通常時間差が生じます。商品の出荷を終えたことだけを理由に、自動的に決済確定や着金まで完了したと判断することはできません。

また、Shopify内で外部決済事業者が処理した支払いの入金情報はShopifyの管理画面では直接確認できず、事業者側の明細で確かめる必要があります（外部決済の入金仕様について）。

たとえば今回の架空店舗において、当月に4件・計50,000円の決済確定があったとしても、同月内に銀行へ届く額は28,740円になるケースがあります。差額のすべてを手数料や紛失、あるいは利益と決めつけず、明細を挟んで段階ごとに確認することが大切です。

どのレポートと期間をそろえればよい？

入金照合を始める際は、利用している決済事業者、加盟店口座、通貨ごとに資料を分け、対象期間、採用日、タイムゾーンを揃えて確認します。期間全体の残高の動きを追う資料と、1回ごとの振込の内訳を追う資料では目的が異なります。

「採用日」とはそのレポートが個々の取引を対象期間に含める基準日のことであり、「タイムゾーン」は日時の区切りとなる地域時間を指します（協定世界時UTCと日本標準時JSTのズレは集計月が分かれる原因になります）。

利用サービスごとの主な確認資料は下表のとおりです。

Stripeのレポート選択ドキュメントにあるとおり、残高レポート（残高変更日基準）と入金照合レポート（振込実行基準日）では取引を含める採用日が異なります。月合計の表面的な差だけで原因を判断せず、注文日、決済確定日、残高変動日、振込予定日、着金日を別々の列として把握しましょう。

注文・決済・返金・振込を、どう結び付ける？

注文番号と振込記録は、単純な文字列一致や件数の一致だけで結び付けることはできません。1回の注文に対して追加決済や一部返金が複数回発生することや、1回の振込に複数の注文が含まれることがあり得るためです。

照合を円滑に進めるには、注文ID、決済取引ID、返金・調整ID、振込識別子（振込IDや支払い番号など）を記録した対応表を作成します。「ID」は個々の記録を見分けるための識別番号であり、「対応付け」とは同一文字列であることを求めるのではなく関連する取引同士を紐付ける作業を指します。

Shopifyペイメントの特定支払い詳細では、合計額、状態、振込先、利用可能な場合の振込参照番号、内訳取引を確認してCSVで出力できます。また、Stripeの入金照合ドキュメントにあるとおり、入金照合レポートには振込ID、残高取引ID、元決済参照などの項目が含まれます。

架空店舗の例では、1つの振込（PO-001）に対して取引001、002、003の3件が紐付き、別の振込予定（PO-002）に取引004が紐付きます。すべての事業者のCSVに同じ項目名やIDが存在するとは限らないため、まずは利用中のCSVにどのような参照データが含まれているかを確認し、不足している場合は注文管理画面や取引控えの番号を手動で補記して対応関係を記録します。

手数料・返金・チャージバックは、どう分ける？

決済代金から差し引かれた「純額」（決済総額から手数料や返金などを差し引いた後の金額）を正しく把握するには、決済総額、決済手数料、返金、異議申し立てに伴う調整を別々の項目として切り分けます。

Stripeの入金照合レポートのように明細がgross（総額）、fee（手数料）、net（純額）で整理されている場合、すでに返金が差し引かれた後の純額に対して計算上で再度返金額を二重に引いてしまわないよう注意が必要です。

返金時の手数料の扱いについても確認を要します。Shopifyペイメントの返金仕様では、返金を行っても元のクレジットカード取引手数料は返還されず、返金処理を開始した後は取り消すことができません。また、店舗側の返金処理完了と購入者の口座への実際の反映には日数差があります。架空店舗の例でも、取引003の5,000円を全額返金した場合、売上は相殺されますが元の手数料180円は控除されたまま残ります（ただし、元手数料が返還されない仕様をすべての外部決済へ当てはめることはできません）。

さらにShopifyのチャージバック仕様によると、カード発行銀行による「照会・調査（inquiry）」と正式な「チャージバック（chargeback）」は明確に区別されています。銀行によるinquiryはカード保有者の申立てを受けて行われる調査段階であり、この時点では対象金額や手数料は直ちに引き落とされません。一方、正式なchargebackが発生した場合は対象金額および係争手数料が差し引かれ、Shopify Paymentsでは次回以降の利用可能な支払いから控除されます。なお、購入者から店舗へ直接寄せられる日常の問い合わせとは別物です。係争が発生した際は対象額と手数料を別行に記録し、結果の確定を待ちます。手数料の課税区分や料率、返金時の条件は契約によって異なるため、自社の実際の契約明細に基づいて整理してください。

振込の表示と銀行への着金を、どう確かめる？

Shopifyペイメントの管理画面における「Deposited（入金済み）」の表示は、資金が銀行へ送られた状態を示しており、店舗の銀行口座への着金や口座残高への反映そのものを意味するものではありません。各決済サービスで表示されるステータスの意味は異なるため、必ず利用先ごとの定義を確認する必要があります。

ここでいう「着金」とは自社の銀行口座の明細に実際に入金が記帳された状態を指し、送金指示が出されてから口座へ反映されるまでのタイムラグにある状態を「振込処理中」と呼びます。

照合の際は、Shopifyペイメントの支払詳細等にある「振込金額・送金状態・振込先口座・利用可能な振込参照番号」と、銀行明細の「入金額・着金日・振込名義」を突き合わせます。Stripeの入金照合機能に関する案内にあるとおり、管理画面上の振込識別番号が銀行明細の摘要欄で文字数制限などにより省略されることもあります。失敗や保留となっている取引があれば別確認の対象として切り離します。

架空店舗の例では、振込PO-001の金額28,740円が銀行明細の着金記録と一致した段階で、この振込を「照合完了」とします。一方、振込PO-002の14,460円は月末時点で未送金のため、銀行明細には現れず翌月の確認対象となります。

月末に残る金額を、どう翌月へつなぐ？

月末時点で手元の銀行に入金されていない売上がある場合、それが「送金待ち（未送金）」「銀行への送金中（未着金）」なのか、それとも「原因未確認の差額」なのかを明確に区別して翌月へ引き継ぎます。

「期末決済残高」は月末時点で決済事業者の口座内に残っている金額、「送金中」は決済会社から出金されたものの銀行でまだ記帳されていない金額、「未解決差額」は明細を突き合わせても原因が特定できていない金額を指します。

残高の整合性を確かめる基本計算式は次のとおりです。

期末決済残高 ＝ 期首決済残高 ＋ 当期間の決済確定総額 − 当期間の手数料 − 当期間の返金・控除額 − 決済口座から出金された振込額 （※決済口座からの送金と銀行着金に時期差がない場合に限り、出金振込額の代わりに銀行着金額を使って検算できます）

架空店舗における当月（2026年9月）の代表4取引をまとめた明細は以下のとおりです。ここに記載している手数料は計算の流れを整理するための架空の税込受払実額であり、実在する決済サービスの料率に基づく計算ではありません（期首残高0円、他の調整や準備金はなしと仮定。取引003の手数料180円が返金時に返還されない設定は、本架空例およびShopifyペイメントに限定した前提です）。

当期間の純額43,200円から同月に送金・着金されたPO-001の28,740円を差し引いた期末残高は14,460円となり、決済口座に残るPO-002の未送金額と一致します。この14,460円を翌月の期首決済残高として引き継ぎます。

もし決済口座から出金済みであるにもかかわらず銀行口座へ未着金の金額がある場合は、決済残高へ重ねて残さず「送金中（未着金）」として別欄で管理します。ShopifyアクティビティレポートやStripe残高レポートの期末表示額と実計算額を照合し、算出した数字だけで一致とみなさず、実際の管理画面の残高と合致しているかを必ず確かめてください。

合わない取引は、何を残して誰に確認する？

明細を突き合わせても原因が確認できない差額が残る場合は、無理に数字を合わせようとして既存の記録を操作するのではなく、原因未確認の差額として未解決一覧に残して管理します。「未解決一覧」は原因と次の確認作業が残っている取引の一覧であり、「締め」とはその期間内に確認が完了した金額と未確認の取引とを明確に切り分けて記録することを意味します。

未解決行には以下の5項目を記録します。

1. 対象の日付・注文ID・決済取引ID
2. 不一致となっている金額と状態
3. 現在のステータス（調査中、回答待ちなど）
4. 該当する管理画面のキャプチャやCSVなどの証拠資料
5. 社内の確認担当者と次回の確認期限

記録した未解決行は、内容に応じて次の窓口へ照会します。

• 決済事業者のサポート窓口：決済処理エラー、送金保留、手数料計算の不明点など
• 取引金融機関：口座着金の遅延、振込名義や参照番号の不整合など
• 顧問税理士・会計担当者：未着金や差額の会計仕訳、税務科目の判断など

次の行動は2点です。まずは直近の1回分の振込明細と通帳記録を突き合わせて照合し、そのうえで確定した月末残高と期限付きの未解決一覧を次月の管理シートへ引き継ぎましょう。

---

• 利用中の決済明細を確認する
• 月次締めの手順へ進む

関連記事

• Shopify Paymentsの決済と入金を確認する
• ECの月次締め
• ECの資金繰りを計画する